Le variabili di configurazione sono organizzate in variabili framework, che iniziano con il prefisso "_USTN_", e variabili operative, la maggior parte delle quali iniziano con il prefisso "MS_". Generalmente, le variabili framework sono impiegate nei file di configurazione, mentre le variabili operative sono utilizzate per dirigere il comportamento del software all'interno di MicroStation. Alcune variabili di configurazione framework sono determinate dalla directory d'installazione di MicroStation. Per impostazione predefinita, le altre variabili di configurazione si trovano in posizioni relative alla directory d'installazione, ma possono essere modificate nei file di configurazione forniti dall'utente.