L'elaborazione dei file di configurazione inizia con il file mslocal.cfg. Si tratta di un file "bootstrap" contenente solo alcune righe. Questo file include msdir.cfg, un altro piccolo file di configurazione generato al momento dell'installazione e che identifica la directory in cui viene installato MicroStation. Include anche il file msconfig.cfg, contenente il principale "flusso di programma" dell'elaborazione dei file di configurazione.