MicroStation consente di creare strumenti e caselle degli strumenti personalizzati. Gli strumenti personalizzati possono essere copie di strumenti standard o strumenti di librerie DGN , modificati in base alle esigenze, oppure possono essere creati facendo clic sull'icona Nuovo strumento della finestra di dialogo Personalizza. Gli strumenti personalizzati possono essere configurati in modo da aiutare gli utenti a disegnare elementi, regolare impostazioni, eseguire altre applicazioni, collegarsi a siti Web e così via.

Gli strumenti personalizzati sono posizionati all'interno di toolbox personalizzate, utilizzate per organizzare gli strumenti. Le caselle degli strumenti personalizzate possono essere copie di caselle degli strumenti standard o di librerie DGN, modificate per adattarle alle varie esigenze, oppure possono essere create facendo clic sull'icona Nuova toolbox. Le toolbox personalizzate possono essere posizionate all'interno di altre toolbox. Le caselle di strumenti personalizzate possono essere aperte e/o convertite in attività.

Le caselle degli strumenti e gli strumenti personalizzati possono essere creati e gestiti mediante la scheda Strumenti della finestra di dialogo Personalizza.