La protezione dei file rende inaccessibile il contenuto di un file DGN a persone non autorizzate, anche se in possesso di una copia del file. La protezione dei file si basa su meccanismi standardizzati di crittografia e certificati digitali che limitano l'accesso in diversi modi, dalla semplice protezione con password fino all'applicazione di diritti digitali.

L'autore limita l'accesso agli utenti designati, identificati mediante certificati digitali. Prima di aprire un file protetto, MicroStation autentica l'utente corrente, disattiva le funzioni che non sono permesse ed applica i diritti assegnati. All'apertura di file con diritti limitati, il prodotto carica solo le applicazioni con firma digitale identificate dall'autore come compatibili con i diritti.