O processamento do Arquivo de Configuração começa com o Arquivo de Configuração mslocal.cfg. É um arquivo "bootstrap" com somente algumas linhas - inclui msdir.cfg, outro Arquivo de Configuração pequeno que é gerado no momento da instalação e identifica o diretório de instalação do MicroStation, e inclui então o msconfig.cfg, que contém o principal "fluxo do programa" do processamento do Arquivo de Configuração.