A proteção do arquivo torna os conteúdos de um arquivo DGN protegido inacessíveis para pessoas desautorizadas, mesmo se elas possuem uma cópia do arquivo. A proteção do arquivo é baseada nos mecanismos de criptografia padronizada e de certificado digital que restringem o acesso de diversas maneiras, da simples proteção de senha à aplicação de direitos digitais.

O autor limita o acesso a usuários designados que são identificados por certificados digitais. Antes de abrir um arquivo protegido, o MicroStation autentica o usuário atual, desativa funções que não são permitidas, e aplica os direitos atribuídos. Quando em um arquivo de direitos restritos, o produto carrega somente os aplicativos assinados digitalmente que foram identificados pelo autor como compatíveis com os direitos.