In MicroStation è possibile disporre di un numero illimitato di collegamenti di riferimento, i quali possono avere collegamenti che a loro volta possono avere più collegamenti e così via. Questa funzione è nota con il nome di annidamento. I riferimenti annidati consentono di collegare e visualizzare facilmente riferimenti multipli, collegando un singolo riferimento principale a un modello.

Quando si collegano i riferimenti, è possibile controllare il modo in cui i riferimenti annidati vengono collegati al modello o decidere di non collegare i riferimenti annidati. Se si decide di non includere i riferimenti annidati durante il collegamento di un riferimento principale, è possibile controllare il numero di livelli dei riferimenti annidati da collegare al modello. Questa funzione è nota con il nome di profondità di annidamento. Maggiore è il numero impostato, maggiore è la certezza che anche i riferimenti più annidati verranno inclusi nel collegamento di un riferimento principale.

Il menu di opzioni Collegamenti annidati nella finestra di dialogo Proprietà collegamento riferimento consente di controllare il modo in cui i riferimenti annidati vengono gestiti durante il collegamento di un riferimento principale.