「画層マネージャ」ダイアログボックスの左パネルで、開いているDGNファイルを選択し、「画層を更新」アイコンをクリックします。

または

「画層マネージャ」ダイアログボックスの左パネルで、開いているDGNファイルを右クリックします。ポップアップメニューから「画層を更新」を選択します。