In MicroStation sono disponibili numerosi strumenti di disegno (o semplicemente strumenti). Per facilitarne la selezione, gli strumenti sono raggruppati nella barra multifunzione. Tuttavia, è anche possibile aprirli a partire dalle caselle degli strumenti.

Ciascun menu degli strumenti aperto può essere mobile all'interno della propria finestra oppure agganciato a uno dei lati della finestra dell'applicazione. È possibile modificare la disposizione degli strumenti all'interno di un menu degli strumenti mobile, modificando le dimensioni della relativa finestra.

Gli strumenti sono visualizzati all'interno dei menu come icone. Per semplicità, il termine "strumento" viene utilizzato per indicare sia lo strumento che l'icona ad esso associata.