Las variables de configuración se organizan en variables de configuración de marco, que comienzan con el prefijo "_USTN_", y las variables de configuración operativas, la mayoría comienza con el prefijo "MS_". Las variables de configuración de marco se utilizan generalmente en archivos de configuración, mientras que las variables de configuración operativas se utilizan para dirigir el comportamiento del programa en MicroStation. Algunas de las variables de configuración de marco vienen determinadas por el directorio de instalación de MicroStation. Otras variables de configuración de marco van por defecto a las ubicaciones relativas al directorio de instalación, pero esto se puede cambiar en los archivos de configuración proporcionados por el usuario.