El procesamiento de los archivos de configuración se inicia con el archivo de configuración mslocal.cfg. Es un archivo de "arranque" con solo algunas líneas: incluye msdir.cfg, otro pequeño archivo de configuración que se genera en el momento de la instalación e identifica el directorio de instalación de MicroStation y después incluye msconfig.cfg, que contiene el "ciclo del programa" principal de procesamiento del archivo de configuración.