La Protección de archivos hace que los contenidos de un archivo DGN estén inaccesibles para personas no autorizadas, incluso si tienen una copia del archivo. La Protección de archivos se basa en criptografía y mecanismos de certificados digitales que restringen el acceso de diversas formas, desde una protección de una simple contraseña a aplicación de derechos digitales.

El autor limita el acceso a usuarios designados que se identifican por certificados digitales. Antes de abrir un archivo protegido, MicroStation autentica al usuario actual, deshabilita funciones que no están permitidas y aplica los derechos asignados. En un archivo con derechos restringidos, el producto cargar solo las aplicaciones firmadas digitalmente que se han identificadas por el autor como compatibles con los derechos.