Die Verarbeitung der Konfigurationsdatei beginnt mit der Konfigurationsdatei mslocal.cfg. Es handelt sich dabei um eine sogenannte "Bootstrap" -Datei mit nur wenigen Zeilen - sie enthält msdir.cfg, eine weitere kleine Konfigurationsdatei, die erst zur Installationszeit generiert wird und das MicroStation Installationsverzeichnis identifiziert, und schließlich msconfig.cfg, welches den Haupt-Programm-Flow für die Verarbeitung der Konfigurationsdatei enthält.