Wenn eine PDF mit Ebenen in einem anderen Dateiformat gespeichert wird, weil die unterstützten Ausgabeformate keine Ebenen unterstützen, werden nur die Ebenen zusammengeführt und in der neuen Datei gespeichert, die zum Zeitpunkt des Speichervorgangs sichtbar sind. Daher werden die Anmerkungen nur in der Ausgabedatei gespeichert, wenn sie auf dem Bildschirm angezeigt werden.