3次元のDGNファイルは、作業するデザイン空間から構成されています。デザイン空間は3次元DGNファイルの3次元領域全体を表すものであり、領域内の点は、X、Y、Zの各値（立体座標）で定義されています。点はデザイン空間の中であればどこにでも配置できます。2次元DGNファイルで作業するときと同様に、1つの平面に制限されません。

デザイン空間の座標値は、(x,y,z)の形式で表されます。MicroStation PowerDraftの3次元シードファイルのグローバル原点は、デザイン空間の正確な中心に位置しており、座標(0,0,0)が割り当てられています。グローバル原点より上にある任意の点はZ値が正であり、下にある任意の点はZ値が負です。