画層を持つPDFを別のファイルフォーマットで保存すると、サポート対象の出力フォーマットが画層をサポートしていないため、保存操作のときに表示されていた画層のみが統合され、新しいファイルに保存されます。このため、注釈は、画面上で表示されている場合のみ出力ファイルに保存されます。