Quand un fichier PDF comportant des couches est enregistré sous un autre format, étant donné que les formats de sortie compatibles n'admettent pas les couches, seules les couches qui sont visibles au moment de l'opération d'enregistrement sont fusionnées et enregistrées dans le nouveau fichier. Ainsi, les annotations ne sont enregistrées dans le fichier de sortie que si elles sont visibles à l'écran.