Les variables de configuration sont organisées en variables de configuration Framework, qui commencent par le préfixe « _USTN_ » et en variables de configuration opérationnelles, qui, pour la plupart, commencent avec le préfixe « MS_ ». Généralement les variables de configuration Framework sont utilisées dans les fichiers de configuration, alors que les variables de configuration opérationnelles permettent de diriger le comportement de programme au sein de MicroStation. Quelques-unes des variables de configuration Framework sont déterminées par le répertoire d'installation de MicroStation. L'emplacement par défaut des autres variables de configuration Framework est le répertoire d'installation, mais peut être modifié dans les fichiers de configuration fournis par l'utilisateur.