MicroStation propose des dizaines d'outils de dessin (communément appelés « outils »). Pour en faciliter la sélection, ces outils sont regroupés dans le ruban. Cependant, vous pouvez aussi ouvrir les outils à partir des boîtes à outils.

Chaque boîte à outils ouverte est flottante dans sa propre fenêtre ou ancrée à un côté de la fenêtre de l'application. Pour changer l'organisation des outils dans une boîte flottante, redimensionnez sa fenêtre.

Dans les boîtes à outils, les outils sont représentés par des icônes. Pour plus de simplicité, le terme "outil" désigne aussi bien l'outil que son icône.