I file DGN 3D sono costituiti da un cubo del disegno in cui vengono effettuate le diverse operazioni. Il cubo del disegno rappresenta il volume totale di un file di disegno 3D, nel quale i punti vengono definiti in base ai valori delle coordinate X, Y e Z. I punti possono essere posizionati ovunque all'interno del cubo del disegno e non sono limitati a un solo piano come nel caso dei file DGN 2D.

Le coordinate del cubo di disegno sono espresse nella forma (X,Y,Z). L'origine globale nei file seme 3D forniti con MicroStation si trova esattamente al centro del cubo del disegno in corrispondenza delle coordinate (0,0,0). I punti situati sopra l'origine globale hanno un valore Z positivo e quelli situati sotto di essa hanno un valore Z negativo.