I punti di riferimento consentono di definire il mapping tra le coordinate sulla tavoletta di digitalizzazione e le coordinate del piano di disegno. Quindi, tali punti vengono definiti sia sulla superficie della tavoletta di digitalizzazione che nel piano di disegno.

È necessario che siano definiti almeno due punti di riferimento, ma per raggiungere una maggiore accuratezza, si consiglia di utilizzarne un maggior numero. Se vengono definiti solo due punti di riferimento, MicroStation presuppone che la copia cartacea sia perfettamente allineata sulla superficie della tavoletta. La definizione di più di due punti di riferimento, consente a MicroStation di risolvere i problemi dovuti al disallineamento.

Un punto di riferimento può essere un punto qualsiasi, le cui coordinate sulla copia cartacea da digitalizzare sono note. Si consiglia di definire più punti di riferimento ben distanziati.

È più semplice posizionare i punti di riferimento nel piano di disegno prima dell'impostazione della digitalizzazione e successivamente, durante l'impostazione e la digitalizzazione, inserire punti tentativo su tali punti. Per rendere visibili i punti di riferimento, si consiglia di posizionarli con uno spessore di linea non inferiore a 3.