Los archivos DGN en 3D constan de un cubo de diseño en el cual se trabaja. El cubo de diseño representa un volumen total del archivo DGN 3D, en el que los puntos se definen con valores o coordenadas, x, y y z. Los puntos se pueden colocar en cualquier parte del interior del cubo de diseño, y no están limitados a un único plano, como cuando trabaja en un archivo DGN 2D.

Las coordenadas del cubo de diseño se expresan con el formato (x,y,z). El origen global de los archivos semilla 3D que se facilitan con MicroStation se ubica en el centro exacto del cubo de diseño y se le asignan las coordenadas (0,0,0). Cualquier punto situado por encima del origen global tiene un valor Z positivo y cualquier punto situado por debajo tiene un valor Z negativo.