MicroStation tiene varias herramientas de dibujo (o herramientas, para abreviar). Para que resulte práctica su selección, estas herramientas se agrupan en la cinta. Sin embargo, también puede abrir las herramientas desde las cajas de herramientas.

Cada caja de herramientas abierta es flotante dentro de su propia ventana o bien está anclada a un borde de la ventana de la aplicación. Puede cambiar la disposición de las herramientas de una caja de herramientas flotante redimensionando su ventana.

En las cajas de herramientas, estas se representan mediante iconos. Para una mayor simplicidad, el término "herramienta" se utiliza para referirse tanto a la herramienta como a su icono.