三维 DGN 文件包含可以操作的设计立方体。设计立方体表示三维 DGN 文件的总体积块，其中的点以 x、y 和 z 值或坐标定义。点可以放置在设计立方体中的任意位置，并且不会受限在单个平面上，而使用二维 DGN 文件时就存在这种限制。

设计立方体的坐标以 (x,y,z) 形式来表示。MicroStation 随附的三维种子文件中的全局原点是设计立方体的正中心，为它分配的坐标是 (0,0,0)。位于全局原点上方的任何点的 z 值为正数，位于其下方的任何点的 z 值则为负数。