ペンテーブルに関わりのあるすべての操作は、「ペンテーブルを修正」ダイアログボックスから実行することができます。現在ロードされているペンテーブルに存在するセクションは、「要素セクションの処理順」リストボックスに一覧表示されます。「ファイル」メニューと「編集」メニューを使用して、新規および既存のペンテーブルを作成したり編集したりできます。

「ペンテーブルを修正」ダイアログボックスの「要素の選択基準」タブの設定を使用することにより、デザインファイルの要素を選択するためのパラメータを定義できます。選択基準を設定することにより、「要素の出力条件」タブの設定を使用して、印刷出力に必要な変更を定義することができます。

要素を選択するための個々のパラメータを定義し、その評価に基づいて、出力ファイル内に識別された要素の修正を指定することができます。同様に複数のパラメータを評価することもできます。ただし、複数のパラメータを指定した場合は、各パラメータの論理積（AND）が取られます。つまり、複数のパラメータ値を使って要素を識別する場合、その要素は、指定された基準をすべて満たしている必要があります。

たとえば、要素タイプとして「楕円」を指定した場合、デザインファイル内のすべての楕円に適用される、1つまたは複数の修正タイプを指定することができます。ただし、「楕円」、「画層」（Level 40）、「幅」（2）を指定した場合は、画層40にある線幅2の楕円だけが、出力条件の影響を受けることになります。デザインファイル内の他の楕円については、このセクションの処理から除外されます。デザインファイルの他の画層上にある、別のタイプの楕円に対しては、その後で、変更を定義することができます。後で加えた変更は、最初のセクションの変更内容には影響を与えることなく適用されます。

既定では1つの要素に適用できるのは1つのセクションのみです。つまり、現在または過去のセクションによって変更された要素は、その後のセクションでは変更されません。この設定は「ペンテーブルオプション」ダイアログボックスで変更し、1つの要素に複数のセクションを適用できるように設定することもできます。この場合、リストの一番上から下方の順でセクションの選択と適用が行われます。