Flags sind nützlich, wenn eine Zeichnung mit Markierungen oder Änderungsvorschlägen versehen werden soll. Ein Flag ist eine Bitmap-Grafik (Rasterelement) mit oder ohne zugeordneter Erläuterung. Zwar wird die Erläuterung nicht zusammen mit der Grafik angezeigt, doch kann sie in einem eigenen Fenster aufgerufen und bearbeitet werden.

Im Lieferumfang von MicroStation ist ein Satz von Flag-Bilddateien im Bildverzeichnis enthalten, der sich standardmäßig im ..\Default\Image\-Ordner des MicroStation Programmverzeichnisses befindet.