Le traitement du fichier de configuration commence par le fichier de configuration mslocal.cfg. Il s'agit d'un fichier d'« amorçage » avec seulement quelques lignes : il inclut msdir.cfg, un autre petit fichier de configuration qui est généré à l'installation et identifie le répertoire d'installation de MicroStation, puis inclut msconfig.cfg, qui contient le « déroulement du programme » du traitement du fichier de configuration.