La protection des fichiers permet au contenu d'un fichier DGN protégé d'être inaccessible aux personnes ne disposant pas des droits appropriés, même si elles en détiennent une copie. Elle est basée sur des mécanismes de cryptographie normalisée et de certificats numériques restreignant l'accès de plusieurs manières, allant d'une protection simple par mot de passe à l'application de droits numériques.

L'auteur restreint l'accès aux utilisateurs désignés qui sont identifiés par des certificats numériques. Avant d'ouvrir un fichier protégé, MicroStation authentifie l'utilisateur en cours, désactive les fonctionnalités non autorisées et applique les droits affectés. Si c'est un fichier avec des droits restreints, le produit charge uniquement les applications signées numériquement qui ont été identifiées par l'auteur comme étant conformes aux droits.